まず,変形労働時間制とはその名の通り,一定の期間（1週間以内・1か月以内・1年以内）の法律で認められたパターンの中で,期間の中で勤務時間の長さと始まり・終わりの時間の凹凸をつけることができるで制度です。無効の話が出てくるところからも分かるように,一定のハードルをクリアする必要があります。

　先に無効となった場合を考えてみると,凹凸のうち多くなっている期間について多くなっている部分の多くが残業になってしまう可能性があります。つまり,有効となった場合と比べて残業が多くなるリスクがあります。

　ここでの凹凸の意味を触れておきます。1か月単位の変形労働時間制をこの後では前提とします。法律上,1週間以内の法定勤務時間は週40時間以内とされ,これ以上の勤務は残業となります。36協定の締結や現在の残業規制には別途注意が必要ですが,この規制は変形労働時間制を採用しても基本的には維持されます。どのように維持されるかと言えば,1か月以内での1週間当たりの勤務時間を平均すれば40時間を超えないような仕組みを採用する必要があります。凹凸によって多く勤務する時間が発生する期間が生じる場合別の期間で少なくして先ほどの勤務時間の前提を満たす必要があります。ここでの40時間は先ほどの特例として44時間となる場合には,44時間となります。

　ここでの凹凸が生じる期間とどれだけ生じるのかはきちんと特定をさせる必要があります。つまり,1か月のほぼ4週間ある期間のうち,どの1週間・どの1日に何時間超えることになるのか（当然その分を残りの期間で調整する必要があります）をはっきりさせる必要があります。常時10人以上を雇用している事業場では始業と終業の時間をいつにするのかを特定するのが原則です。ただし,こうした特定が困難な場合には変形をする期間や各シフトごとの始業や終業時間・シフト表の作成ルール（前月前までに定める等）を定めればいいとされています。

　こうした定めは就業規則等によって決めておくことなどが必要とされています。裁判例上,一度決めたルールを変更することは原則許されないと考えられていますが,当初想定した業務内容などが大きく変わる場合には変更できると考えられています。

　最近でもいわゆるドラッグストアでの残業代請求での残業時間の長さに関わるものとして（長崎地裁令和3年2月26日判決）・住宅の建築や販売などを行う会社について,どの日に何時間の勤務であったかを特定できないかどうかが争いになったケース（宇都宮地裁令和2年2月29日判決）があります。

　このうち,ドラッグストアでのケースでは,判決文によれば就業規則で1週間40時間を超えないという定め・始業と終業を定めたシフトの組み合わせが定められていました。シフトをあらかじめ通知する仕組みでした。

　このケースでの争点は一見問題のない決まりのある場合であっても,実際の運用として決まりを無視して店舗ごとに店長がシフトを決めるという話であったのか・そのシフトが1か月の所定労働時間に30時間をプラスしたものであったのかという事実レベルの話があります。ここで所定労働時間を超えたシフトが設定されていたという場合には,先ほど触れた1か月平均して1週間当たり40時間の制限に違反するため,無効になるという話になってきます。

　事実関係の点は,会社側の稼働計画表で残業時間がそもそも月30時間と想定されていたなどの点を証拠から認定しています。ここでの話は,そもそも月30時間の残業を想定していたとなると,実質は所定同労時間は月30時間を足した時間となるので法定の所定労働時間（1週間40時間を前提とした月177時間（31日を前提））を30時間超えることになります。当然1週間40時間を平均して超えることになるので,ここで無効とされてします。

　このケースでは,稼働計画表など会社側の業務実態を証拠から判断したものと言えます。就業規則やシフト表の定めと稼働計画表やそれに基づく運用が異なる場合には,無効リスクがあるといえるでしょう。詳しくは触れませんが,シフト表での勤務が月180時間を超えていた場合について同様に1か月単位平均労働時間の制度を無効としたケースも存在します。

　次に,建築や販売会社でのケースでは,就業規則で1か月単位の勤務時間の定めはおかれていました。ただし,具体的に,どの日に・いつからいつまでの勤務とするかの定めはおかれていませんでした。シフト制の採用や内容・いつ提示するかの定めがないという話になります。このケースでは,会社側がいつ勤務で休みなのかを記入したカレンダーを作成し周知していることが,勤務時間の凹凸がいつどれだけ存在し平均しての1週間以内の勤務時間をクリアしているといえるかも争点となっています。

　結論から言えば,単にカレンダーに勤務日休みを記入するだけでは,凹凸の確認はできるわけがないので,会社側の言い分は排斥されています。変形労働時間制は無効とされています。

　こうした時間や長さの特定がなされていないケースもまた,先ほど触れた時間の長さ自体が法律のルールを上回っている場合と同じくよく見られるものです。就業規則に採用を定めればいいというだけでなく,運用ルールをどうするのか・そのルールで時間の長さや凹凸部分の特定などクリアすべき部分がクリアされているかの確認は重要となってくるものと思われます。

　後者の裁判例のケースでは,残業時間の長さや固定残業代の制度が有効かどうかも争点となっています。固定残業代の有効性自体の判断は最近の裁判例でもどのように考えるか問題になっているものですが,変形労働時間制の有効性や実労働時間とともに残業代で争いとなるものです。トラブルを防ぐための運用やトラブルになっても足元をすくわれないように注意をしておく必要があるといえます。